1998年5月，中央领导在北京大学百年校庆大会上提出“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”。为此，教育部自1999年起分别与部分省、市地方政府签订合作协议，分批将39所国内知名高校列入国家跨世纪重点建设的高水平大学名单，由国家、地方以及相关部委共同出资建设。